15 Temmuz sonrası alel acele atanan Alim Yıldız ve ilahiyaçı ekibi adeta sınıfta kaldı.Üniversiteyi ticarete açarak şehirle arasındaki tek bağıda koparan bu yönetim anlayışı ulusal medyadada çok kez gündem oldu.Kopya sistemi üzerine çalışan bir sistemle Ankara´nın girişlerine yapılan kapılar gibi kampüse yapılan fakat ne olduğu pek belli olmayan fakat kapı diye adlandırılan yapılarda ve duvarlarda fetöyle bağlantılı olduğu iddia edilen motiflerede yer verilmiş olması gündeme bomba gibi düşmüştü.
Yine rektörün fetönün yayın organlarında programlara katılmış olması ve dergilerinde makalelerinin yer almasıda konuşulmaya devam ederken özellikle fetöyle bağlantılı görevden alınan isimlerin ekiplerinin üniversitede görev yapıyor olmasıda eleştiriler arasındaki yerini korumaktadır.
Rektörlükte son kez seçimle atanan Yıldız´ın oylarınında yine bu ekiple bağlantılı olduğu akademisyenler tarafından dile getiriliyor.
Görev süresi içerisinde hastanenin tamamen tükenmesi, vakfın içinin boşaltılması, kendine uzak olanlara ağır mobingler uygulayarak sindirilmeye çalışılmasının yanında üniversite ile şehri arasında bağ kalmayacak şekilde bölmesi hem şehir hemde üniversitede görevli olanlar tarafından ağır bir şekilde eleştiriliyor.
Bir çok akademisyen ve doktorun gitmeside büyük tepkilere sebep olmaktadır.